Gran defecto de análisis de expresión génica global enfoque estándar identificado

Marcha 15, 2016 Admin Salud 0 0
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"El análisis de expresión es uno de los métodos más comúnmente utilizados en la biología moderna", dice Whitehead miembro Richard Young. "Así que nos preocupa que las suposiciones erróneas pueden afectar la interpretación de muchos estudios biológicos."

Gran parte de hoy interpretación de los datos de expresión génica se basa en la suposición de que todas las células que se analizan tienen cantidades totales similares de ARN mensajero (ARNm), aproximadamente el 10% del ARN de una célula que actúa como una plantilla para la síntesis de proteínas . Sin embargo, ciertas células, incluyendo las células de cáncer agresivos, producen muchas veces más ARNm de otras células. Análisis de la expresión génica global tradicional se suele ignorarse estas diferencias.




"Nos hemos puesto de relieve esta suposición común en el análisis de la expresión génica que potencialmente afecta a muchos investigadores", dice Tony Lee, un científico en el laboratorio de Young y autor correspondiente del artículo publicado en la edición de esta semana de la célula. "Hemos proporcionado un ejemplo concreto del problema y una solución que puede ser implementada por los investigadores ".

Los miembros de la joven laboratorio descubrieron recientemente la falla mientras investiga los genes expresados ​​en las células cancerosas que expresan altos niveles de c-Myc, un regulador del gen conocido por ser altamente expresado en células de cáncer agresivo. Al comparar las células con altos niveles de c-Myc y baja, se sorprendieron al encontrar resultados muy diferentes que utilizan diferentes enfoques para el análisis de la expresión génica. Investigaciones posteriores revelaron que existen diferencias significativas en las cantidades de ARN total a partir de células de c-Myc -Con altibajos, pero estas diferencias se enmascaró con métodos experimentales y analíticas de uso común.

"Los resultados que hemos visto de diferentes métodos de análisis de expresión génica fueron impactantes, y nos llevó a investigar de nuevo todo el proceso en diferentes plataformas", dice Jakob Lovйn, investigador postdoctoral en el laboratorio de Young y co-autor Cell Documento. "Entonces nos dimos cuenta de que la suposición común de que las células contienen los mismos niveles de ARNm es seriamente defectuoso y puede conducir a graves errores de interpretación, en particular con las células cancerosas que pueden tener muy diferentes cantidades de ARN".

Además de describir este problema, los científicos Whitehead también describen un remedio. El uso de ARNm producidos sintéticamente, llamadas ARN espiga-ins, como los controles estandarizados, los investigadores pueden comparar los datos experimentales y eliminar supuestos sobre el total de las cantidades de ARN celular. El remedio se aplica a todas las plataformas de análisis de expresión génica tres estudiado.

Aunque los investigadores creen que el uso de ARN espiga-en debe convertirse en el nuevo estándar para el análisis de la expresión génica global, preguntas es probable que persistan en las interpretaciones de una gran cantidad de investigación primero.

"Hay más de 750.000 conjuntos de datos de expresión en bases de datos públicas, y porque en general carecen de información sobre números de teléfono celulares utilizadas en el análisis, no está claro si pueden ser revisados ​​con el fin de validar la interpretación original," dice David Orlando , un científico en el laboratorio joven. "Puede que tenga que volver a investigar algunos conceptos importantes."

Este trabajo fue financiado por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) otorga HG002668 y CA146445, la Sociedad Americana del Cáncer, y el Consejo Sueco de Investigación.

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