Impulsado por la lucha mundial contra la malaria, la salida científicos Parásito Genome Database

Junio 5, 2016 Admin Salud 0 12
FONT SIZE:
fontsize_dec
fontsize_inc

FILADELFIA - Un equipo internacional de científicos ha presentado hoy una base de datos basada en Internet que permite el análisis genómico de Plasmodium falciparum, el parásito responsable de la gran mayoría de las muertes por malaria en todo el mundo. Desarrollado como una colaboración entre dos grupos de investigación de la Universidad de Pennsylvania, la base de datos del genoma de Plasmodium abre nuevos horizontes en la bioinformática, lo que permite un análisis detallado de un genoma, incluso antes de su secuencia está completa.

"El lanzamiento de esta base de datos es, en cierto modo, aún más importante para los investigadores de la malaria que la secuenciación del genoma humano ha sido para los investigadores que estudian las enfermedades humanas", dijo David S. Roos, profesor de biología de Penn , quien dirigió el proyecto de base de datos Plasmodium. "La dificultad de trabajar con estos parásitos ha frustrado a la búsqueda de nuevos medicamentos y vacunas para combatir la malaria. El proyecto de secuenciación del genoma de Plasmodium amplía enormemente la información disponible sobre el parásito de la malaria, y la base de datos PlasmoDB proporciona a los investigadores de todo el mundo con los medios se alojan en el proceso que la información ".

La base de datos de Plasmodium, disponible a partir de hoy en http://PlasmoDB.org y en disco compacto, se basa en el trabajo de secuenciación en el Instituto de Investigación Genómica en Rockville, Md., El Centro Naval de Investigación Médica de la Universidad de Stanford y el centro de Sanger de Gran Bretaña. Esa secuencia, liderado por decenas de investigadores, es ahora esencialmente en la misma etapa de finalización, como el Proyecto del Genoma Humano.




Una vez que cree estar en declive, una combinación de factores condujo malaria nuevo a la vanguardia de las enfermedades humanas. Más de 1 de cada 20 personas en todo el mundo contrajeron la malaria el año pasado, y más de un millón, en su mayoría niños en África, son asesinados cada año.

Resistencia a los medicamentos malaria se ha convertido en una preocupación para los funcionarios de salud pública en los últimos años; la disponibilidad de la secuencia del genoma de Plasmodium debe acelerar la búsqueda de nuevos medicamentos y vacunas para combatir la malaria. La base de datos se basa principalmente en la web, pero una versión en CD está disponible para los investigadores que no tienen acceso a Internet fiable, incluidos los científicos que trabajan en el campo en los países endémicos también.

La batalla contra la malaria, clasificado por la Organización Mundial de la Salud entre los problemas de salud pública más acuciantes de todo el mundo, lideró el proyecto del genoma - una amplia colaboración entre investigadores universitarios, científicos del gobierno, corporación sin fines de lucro, el Departamento Defensa, organizaciones de salud internacionales, fundaciones privadas y públicas de financiación agencias. Plasmodium falciparum es con mucho el más complejo genoma del patógeno secuenciado hasta la fecha, lo que requiere un esfuerzo extraordinario y el ingenio en nombre de centros de secuenciación.

La secuenciación de aproximadamente 30 millones de nucleótidos de Plasmodium - 1 por ciento bien en el genoma humano - comenzó en 1996. El genoma fue secuenciado varias veces en el curso de una serie de piezas al azar, que han sido instalados juntos para recrear gran parte del genoma. Muchos de los 14 cromosomas del organismo han sido completamente secuenciado y anotado, y los científicos están ahora llenar los pocos espacios que quedan y tenga en cuenta la totalidad de la secuencia del genoma. El esfuerzo de secuenciación ya ha identificado casi todos los genes del parásito.

"A medida que la secuenciación del genoma humano, la de Plasmodium falciparum ha generado enormes cantidades de datos", dijo Roos, también director del Instituto del Genoma de Penn. "Aunque puede tomar años antes de que todos punteado y T se cruzan, es importante proporcionar a los investigadores el acceso a los datos en bruto, tan pronto como sea posible y proporcionarles las herramientas para transformar estos datos en una forma útil."

La base de datos creada por el equipo de Penn es un hito para la bioinformática, que trata de poner orden en el flujo de datos generados por los diversos proyectos genoma. Los científicos pueden utilizar herramientas de minería de datos construidos para examinar la organización de los cromosomas, al analizar los genes que puedan predecir la estructura de estos genes y la función de las proteínas que codifican, para buscar patrones de nucleótidos o aminoácidos y el genoma investigación para las funciones de genes análogos a los encontrados en otros organismos. La base de datos se actualiza continuamente a medida que progresa la secuenciación Plasmodium.

El uso de una arquitectura de base de datos que no está relacionado con las peculiaridades del propio parásito de la malaria, el proyecto también muestra el camino para el desarrollo de bases de datos similares para otros organismos, lo que permite una comparación directa del propio cuerpo genoma con otro.

Cuatro especies causantes de la malaria en humanos, pero las cuentas de Plasmodium falciparum durante más de 90 por ciento de las muertes. La base de datos también incluye PlasmoDB datos disponibles en otras especies de parásitos Plasmodium.

El proyecto de base de datos es una multiforme Plasmodium esfuerzo, basándose en el trabajo pionero en el desarrollo de la base de datos del genoma realizado por la Biología Computacional e Informática Laboratorio de Penn, bajo la dirección de Christian J. Stoeckert y el difunto G. cristiana Overton. Otros miembros clave de este equipo son Brian Brunk, Jonathan Crabtree y Jonathan Schug.

Las nuevas herramientas de minería de datos para el proyecto fueron desarrollados por Plasmodium Fraunholz Martín y Jessica Kissinger, y la versión independiente del CD es el resultado de Jules Milgram, que están en el Departamento de Biología de Penn.

Las contribuciones adicionales a esta colaboración internacional son de Ross Coppel y Robert Huestis Universidad de Monash en Australia, Dinesh Gupta, del Centro Internacional de Ingeniería Genética y Biotecnología de la India y Daniel Lawson del Centro Sanger.

El apoyo financiero para la base de datos proviene de Plasmodium Wellcome Fondo Burroughs y la Organización Mundial de la Salud.

(0)
(0)

Comentarios - 0

Sin comentarios

Añadir un comentario

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Caracteres a la izquierda: 3000
captcha