Nuevo sistema de gran alcance de la clasificación de los tumores reveló

Mayo 18, 2016 Admin Salud 0 2
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"Es sólo el diez por ciento que se clasifica de forma diferente, pero importa mucho si usted es uno de esos pacientes", dijo el autor principal Josh Stuart, profesor de ingeniería biomolecular en la UC Santa Cruz.

Stuart ayudó a organizar el estudio como parte del Proyecto del Genoma del Cáncer Atlas Pan-Cáncer (TCGA). Un amplio equipo de investigadores de varias instituciones a cabo un análisis exhaustivo de datos moleculares de miles de pacientes que representan 12 tipos diferentes de cáncer. Esta fue la colección más completa y diversa de tumores nunca analizó utilizando métodos genómicos sistemática. Cada tipo de tumor se caracterizó usando seis "plataformas" o diferentes métodos de ensayo - moleculares tales como plataformas para el ADN y el ARN genómico de secuenciación más, además de un análisis de expresión de la proteína.




El equipo de investigación utilizó el análisis estadístico de los datos moleculares para dividir los tumores en grupos o "clusters", primero analizar los datos de cada plataforma por separado y luego combinarlos en un análisis integrado multiplataforma desarrollado por co-primer autor Katherine Hoadley la Universidad de Carolina del Norte. Todos los seis plataformas y análisis integrado convergen en las mismas clases de tumores en 11 subtipos principales. Cinco de estos subtipos eran casi idénticos a sus homólogos de tejidos, originarios. Sin embargo, algunas categorías de tejido de origen dividen en varias diferentes subtipos moleculares, y algunos subtipos incluyen tumores con diferentes tejidos de origen.

El cáncer de vejiga es un grupo particularmente interesante, ya divididos en siete grupos diferentes, con la mayoría de las muestras caen en uno de los tres subtipos. Un subtipo era sólo el cáncer de vejiga, pero algunos tipos de cáncer de vejiga en los grupos con los adenocarcinomas de pulmón, y otros con un subtipo llamado "carcinoma-como", que incluye algunos tipos de cáncer de pulmón, ciertos tipos de cáncer en la cabeza y cuello, y algunos cánceres de la vejiga.

"Si nos fijamos en la tasa de supervivencia, cáncer de vejiga que agrupa con otros tipos de cáncer tienen un pronóstico peor. Así que esto no es sólo un ejercicio académico", dijo Stuart.

Otros resultados del estudio reconfirmaron subtipos de cáncer que ya han sido reconocidas, tales como los diversos subtipos de cáncer de mama sobre la base de biomarcadores bien caracterizados. Los resultados proporcionan una imagen cuantitativa de las diferencias más sutiles entre los subtipos de cáncer de mama, dijo Stuart. Por ejemplo, los resultados refuerzan la idea de que el cáncer de mama 'basal-like' son un tipo de cáncer solamente. "Los cánceres de mama son tumores basal-al igual que otros que luminal de mama como son el cáncer de pulmón", dijo.

El hecho de que las seis plataformas para el análisis molecular identificó el mismo conjunto de subtipos, tanto a nivel individual como en el análisis multi-plataforma, es un resultado importante, señaló Stuart. No sólo le da a los investigadores de confianza subtipos identificados, sino que también significa que los diferentes tipos de datos se pueden utilizar para clasificar un tumor.

"Ahora podemos decir cuáles son los subtipos firmas detectores son, por lo que podemos clasificar el tumor de un paciente sólo sobre la base de datos de expresión génica, o simplemente basa en los datos de mutación, si esto es lo que tienes", dijo Stuart. "Tener un mapa molecular de este tipo podría ayudar al paciente en el ensayo clínico de la derecha."

Aunque se necesitan estudios de seguimiento para validar los resultados, este nuevo análisis proporciona la base para la clasificación de los tumores en subtipos definidos molecularmente. El nuevo sistema de clasificación podría ser utilizado para inscribir a los pacientes en los ensayos clínicos y podría dar lugar a diferentes opciones de tratamiento basadas en los subtipos moleculares.

Según Stuart, se espera que el porcentaje de tumores que se reclasifican basa en firmas moleculares creciendo a medida que más muestras y tipos de tumores se incluyen en el análisis (análisis siguiente gran Pan-Cáncer incluye 21 tipos de cáncer). Co-autor Christopher Benz, un oncólogo en el Instituto Buck de Investigación sobre el Envejecimiento y la Universidad de California San Francisco, señaló que la tasa de reclasificación de 10 por ciento en el transcurso del estudio es probablemente subestimada debido a la desigual representación de diferentes tumores. "Si nuestro estudio había incluido el mayor número de cánceres de vejiga, como el cáncer de mama, por ejemplo, hemos reclasificado a 30 por ciento", dijo Benz.

Los investigadores informaron que cada subtipo molecular puede reflejar tumores derivados de diferentes tipos de células. Por ejemplo, los datos mostraron una marcada diferencia entre epitelial del tumor y origen no epitelial. "Creemos que los subtipos reflejan principalmente la celda de origen. Otro factor es la naturaleza de la genómica de lesión, y el tercero es el microambiente de las células de células y cómo afectan la rodea", dijo Stuart. "Nos separamos las señales de estos diferentes factores con el fin de evaluar cada uno por su poder pronóstico."

El estudio incluyó una gran cantidad de datos clínicos y moleculares, que ha sido dirigido por el coordinador de datos Kyle Ellrott, un desarrollador de software en el laboratorio de Stuart en la UC Santa Cruz. El conjunto de datos y los resultados se han puesto a disposición de otros investigadores a través de la sinapsis sitio web (http://www.synapse.org). Stuart ha trabajado con la empresa bioinformática Sage Bionetworks crear sinapsis como un repositorio de datos para la iniciativa Pan-cáncer.

"Es una enorme cantidad de información, y todos los datos están disponibles como datos programable establece que otros investigadores puedan utilizar para hacer un análisis más profundo", dijo Stuart. "La escala de este proyecto es difícil de imaginar. Todos los datos que el proyecto era TCGA churn pero me canalizó en este documento, y nos está dando una mirada imparcial a qué datos tiene que decirnos sobre el cáncer."

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