Variaciones genómicas revelan Evolución de SARS Virus

Abril 9, 2016 Admin Salud 0 6
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Un cuidadoso estudio de las variaciones del patrimonio genético del virus del SARS a través de la reciente epidemia ha permitido a los investigadores procedentes de China y la Universidad de Chicago para tomar el examen de los orígenes animales de SARS y para trazar tres etapas de la evolución molecular del virus como adaptado gradualmente a huéspedes humanos, la enfermedad más contagioso en el transcurso del tiempo.

Los casos se trataba de la primera fase parecían ser independientes y han caracterizado genomas virales idénticas a las encontradas en los animales huéspedes, informaron los investigadores en Science Express, la versión en línea de la revista Science. La segunda fase, que se caracteriza por grupos de transmisión de humano a humano, revela cómo el virus rápidamente adaptado a sus huéspedes humanos. La tercera etapa consistió en la selección y estabilización, como el virus de gravitado hacia un genotipo predominante común hasta el final de la epidemia.

"Lo que vemos es que el virus afinar sí para mejorar su acceso a un nuevo huésped: los humanos", dijo el co-autor Chung-I Wu, Ph.D., profesor y director de la ecología y la evolución en 'Universidad de Chicago. "Este es un proceso preocupante de ver, como el virus de mejora bajo presión selectiva, aprender a propagarse de persona a persona, y luego quedarse con la versión que es más eficaz."




En los primeros casos, las tasas de infección fueron bajos, con sólo el tres por ciento de las personas en contacto directo con pacientes infectados abajo con la enfermedad. En pocos meses la tasa se ha incrementado en casi un 70 por ciento de los contactos directos.

Este estudio, que combina una narrativa epidemiológico preciso de la aparición del virus con el análisis riguroso de las adaptaciones genéticas del virus, lo que confirma la importancia de contener nuevos brotes rápidamente, los investigadores, dijo, antes de que el virus se vuelve más difícil de controlar . También señala los posibles objetivos de una vacuna dirigida a la proteína "pico", que participan en el reconocimiento del receptor viral-huésped y la internalización.

(Aunque Hua Tang, estudiante de doctorado en el laboratorio de Wu, hizo una importante contribución al análisis e interpretación de datos, Tang y Wu hacen hincapié en que la mayor parte del trabajo experimental y bioinformática se llevó a cabo por parte de sus colegas chinos.)

Los investigadores examinaron las secuencias genéticas de 63 virus del SARS, recogidas desde las etapas iniciales, intermedias y finales de los años de la epidemia de 2002-2003.

La primera fase, a partir de mediados de noviembre de 2002, involucró 11 casos aparentemente independientes de diferentes puntos de la zona del delta del río Perla de la provincia de Guangdong, China. En esta región, se observa, el rápido desarrollo económico ha llevado a "hábitos culinarios con animales exóticos." Seis de los casos se documentaron 11/1 contacto con animales silvestres.

La fase intermedia comienza con el primer "evento super-esparcidor," la gran epidemia de SARS en un hospital en Guangzhou del 31 de enero de 2002. Esta epidemia ha producido 130 casos, incluidos 106 adquirida en el hospital. Un médico de este hospital lleva el virus en Metropole Hotel en Hong Kong de febrero otros 21 huéspedes se infectaron y el virus se llevaron con ellos.

Los casos posteriores a la caída de la agrupación hotel en la fase tardía.

Aunque la mayoría de los genomas conocidos del virus del SRAS provino de la fase tardía de la epidemia, este estudio se centró en 29 secuencias genómicas obtuvo de 22 pacientes de la provincia de Guangdong, con la aparición de la enfermedad en las tres fases de la epidemia, más de dos pacientes de fase tardía en Hong Kong.

Dos genotipos dominaron las primeras etapas de la epidemia. Tanto diferían de muestras virales más tarde en una región conocida como ORF8. Cinco primera aislado contenía una secuencia corta, 29 nucleótidos de largo, que está ausente en la mayoría de las secuencias de los virus conocidos anteriormente. Otros cuatro aislamientos iniciales mostraron una no declarada previamente deleción de 82 nucleótidos.

"Es s interesante a tener en cuenta", escriben los autores, que también se identificaron dos secuencias de las fases tempranas de otros huéspedes mamíferos. "La secuencia de apertura con el extra de 29 nucleótidos corresponde virus aislado de los animales en un mercado en Shenzen. La secuencia con la supresión de 82 nucleótidos es idéntico al virus obtenidos de civetas de explotación en la provincia de Hubei.

Con la etapa intermedia, la versión con la supresión de 29 nucleótidos se había convertido en dominante.

Además de las grandes deleciones, los investigadores encontraron 299 variantes menores, cambiando sólo una pieza del código genético del virus. Desde el SARS, como el VIH, usa el ARN en lugar de ADN para almacenar información genética, tiene una alta tasa de mutación.

Los investigadores han descubierto una serie de razones genéticas, como las huellas dactilares moleculares, lo que les permitió distinguir entre diferentes linajes. Los virus de la primera fase tienen un motivo característico que es compartida por el virus aislado de animales.

Los virus de la mitad de la fase muestran una huella ligeramente diferente, con dos variantes, vinculado a la mayoría de los casos en el hospital brote y una versión diferente asociado con Hong Kong.

Desde el cluster hotel al final de la epidemia en agosto, los virus con una razón diferente dominan. "Sorprendentemente pocos genotipos predominó en la fase tardía", señalan los autores.

Los investigadores han rastreado tentativamente esta etapa tardía virus de nuevo en un paciente infectado con una variación inusual en el hospital en febrero. Él comenzó a tener síntomas de 07 de febrero, y posteriormente tuvo contacto con el médico que le trajo el virus en Hong Kong el 21 de febrero.

Los investigadores han visto de cerca la historia de mutaciones en un gen, el pico de proteína, se cree que participan en el proceso que utiliza el virus para entrar en las células. Este gen ha sido objeto de cambios rápidos en las primeras etapas de la epidemia, pero que la tasa de frenado en las últimas etapas, después de aprender a infectar a los humanos, más que otros animales.

"Las huellas genéticas añaden un nivel completamente nuevo para nuestra comprensión del curso de los acontecimientos en esta epidemia", dijo Wu, "pero este trabajo no podría hacerse sin un esfuerzo importante para nuestros colegas chinos en el campo y en el laboratorio para desentrañar la historia precisa de cientos de pacientes que sufren de esta epidemia ".

Wu, uno de los 51 autores del documento, que se sirve con Guoping Zhao de la National Human Genome Center china, como co-líder del grupo de análisis de datos. Zhao es el autor correspondiente para toda la tarjeta. Wu Tang y eran los únicos miembros no chinos del equipo de investigación.

Este trabajo fue apoyado por el Programa de Desarrollo de China de alta tecnología, el Programa Nacional Clave de Investigación Básica y el Gobierno Popular de la provincia de Guangdong.

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